법원 “사업자등록 안 한 주택조합에 종부세 부과 적법”

2022/09/26 07:00 5055
사업자등록이 아닌 고유번호만을 부여받은 지역주택조합에 미분양 주택에 대한 종합부동산세를 부과한 과세 당국의 처분은 적법하다는 법원 판결이 나왔다.
서울행정법원 행정2부(부장판사 신명희)는 교보자산신탁이 삼성세무서를 상대로 “종합부동산세 등 부과 처분을 취소하라”고 제기한 소송에서 원고 패소 판결했다고 26일 밝혔다.
A지역주택조합은 충북 음성군에 아파트 건설 승인을 받은 뒤 B건설사와 공사 도급계약을 체결했다. 아파트가 완공된 이후인 2019년 1월에는 음성군수로부터 사용 승인을 받았다. 이후 조합은 미분양 주택에 대해 교보자산신탁을 수탁자로, 우선수익자를 C조합 등으로 한 부동산 담보 신탁 계약을 체결한 뒤 교보자산신탁으로 소유권 이전 등기를 마쳤다.
삼성세무서는 2020년 종합부동산세 과세 기준일인 2020년 6월 1일까지 미분양 상태로 남은 주택과 관련한 종합부동산세 2억5000여만원, 농어촌특별세 5000여만원을 교보자산신탁에 부과했다.
이에 교보자산신탁은 2021년 2월 과세 당국의 처분이 부당하다며 조세심판원에 심판을 청구했으나 기각당하고, 법원에 소송을 제기했다.
교보자산신탁은 “이 아파트는 국민주택규모의 주택으로 그에 대한 공급은 조세특례제한법에 따라 부가가치세가 면세되는 재화의 공급에 해당하고, 결국 부가가치세 면세사업자인 A조합은 사업자등록 의무가 없다”며 “대신 국세기본법에 따라 ‘법인으로 보는 단체’로 승인을 받고 고유번호를 부여받았는데, 이는 사업자등록에 준하는 것”이라고 주장했다.
재판의 쟁점은 법인으로 보는 단체로서 고유번호를 부여받은 A조합이 ‘사업자등록을 한 자’에 해당하는지 여부였다.
재판부는 A조합이 2020년 종부세 과세 기준일인 2020년 6월 1일까지 사업자등록을 하지 않아 종부세 면제 대상이 아니라고 판단했다. 구 종합부동산세법은 미분양 주택이 종부세 과세표준 합산 대상에서 제외되려면 신탁재산의 경우 위탁자가 과세기준일 현재 사업자등록을 해야 한다고 규정한다.
재판부는 “소득세법과 법인세법에 따르면 부가가치세법에 따라 사업자등록을 한 사업자는 소득세법 또는 법인세법에 따른 사업자등록을 한 것으로 보고 있다”며 “부가가치세법상 사업자 등록을 한 경우 이에 포함된다고 하겠지만, 단지 국세기본법에 따라 고유번호만을 부여받은 A조합은 사업자등록을 한 자에 해당한다고 볼 수 없다”고 설명했다.
A조합은 2015년 6월 국세기본법에서 정한 ‘법인으로 보는 단체’로 고유번호를 부여받았고, 법인세법이나 소득세법, 부가가치세법 따른 사업자등록은 하지 않았다.
재판부는 “부가가치세법에 따르면 사업자등록과 고유번호를 구별하고, 고유번호만 부여받은 사업자는 매입세액공제 대상이 아니며, 고유번호 부여 취지는 조세탈루를 막기 위한 점 등에 비춰보면 부가가치세법은 사업자등록을 한 자와 고유번호를 부여받은 자 간에 그 권리와 의무를 달리 부여하고 있다”고 했다.

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